Ce wiki regroupe les informations colligées par l'équipe santé et biosécurité du CDPQ dans le cadre d'un projet réalisé pour la filière porcine du Québec. L'objectif principal de ce projet était de faire une analyse des actions envisageables à l'échelle provinciale (séquences et vaccins) pour mieux contrôler les effets de l'influenza porcins sur la population porcine.

Ce projet est la première étape d'un plan de gestion de la santé porcine plus global pour les maladies endémiques défini par le Comité consultatif québécois en santé porcine (CMEP) de l'Équipe québécoise de la santé porcine (EQSP). Le Plan pour l’amélioration de la santé des porcs au Québec pour les maladies endémiques – 2020-2025 est disponible en ligne (voir ici).

Ce sommaire regroupe les informations contenues dans un document « Revue des concepts et de la littérature » et celles qui sont présentées ce wiki.

L'équipe de réalisation de ce projet a réalisé une revue des principaux concepts nécessaires à la mise en place d'actions structurantes à l'échelle provinciale. Les principales activités réalisées sont:

• Une synthèse sur la structure du virus influenza (voir la section Virus influenza).
• Une synthèse des principales actions permettant de contrôler la maladie à la ferme (voir la section Prévention et contrôle à la ferme).
• Une consultation des experts et des parties prenantes dans la gestion des problématiques associées à la circulation du virus influenza dans la population porcine. Notamment, des experts des divers laboratoires et des experts impliqués dans le développement et la vente de vaccins commerciaux et de vaccins autogènes. (voir la liste des partenaires-experts consultés).
• Un portrait des souches de virus influenza qui circule à l'échelle provinciale (voir la section Portrait des virus).
• Une comparaison des souches présentes dans les principales régions canadiennes (QC, ON vs OUEST) pour mieux comprendre la similarité ou la diversité des souches au Canada (voir la section Portrait des virus).
• Une liste d'actions qui pourraient être déployées à l'échelle provinciale ou canadienne pour obtenir un meilleur contrôle de la grippe porcine.
• Une révision des processus de travail pour développer et déployer un vaccin régional.

Tous les laboratoires du Québec qui ont participé à cette étude (MAPAQ, FMV, Biovet et Demeter) offrent des services similaires à leurs clients vétérinaires pour dépister la présence du virus influenza et pour caractériser les virus. La présence du virus est essentiellement établie par des tests d'amplification de l'acide nucléique PCR d'un gène spécifique aux influenza de type A présents dans les prélèvements obtenus sur les porcs (ex.: fluides oraux). Après confirmation de la présence du virus, il pourra être caractérisé par l'identification du sous-type (H et N), par le séquençage du gène de la protéine hémagglutinine (HA) ou par le séquençage du virus au complet (voir la section Diagnostic et caractérisation du virus).

Le portrait de la circulation des virus influenza est présentement réalisé tous les trois mois par le MAPAQ. La classification retenue par le MAPAQ est limitée aux sous-types (H|N) des virus de types A. Il est important de souligner que le laboratoire du MAPAQ offre un service gratuit pour caractériser les sous-types de virus influenza en circulation dans la population porcine du Québec. Pour plus de détails, voir le Portrait des virus influenza (Options). Le travail réalisé par le laboratoire du MAPAQ montre que les virus suivants sont présents dans la population porcine du Québec: H1N1 et H3N2 sont fréquent; H1N2 et H1N1 pandémique sont occasionnellement observés; H3N1 n'est presque jamais identifié. Pour plus de détails, voir le Portrait des virus influenza au Québec (sous-types H|N).

Depuis quelques années, il y a eu plusieurs initiatives permettant maintenant de bonifier la classification des virus influenza porcins par le séquençage du gène HA (≈ 1700 bases). Cette méthodologie est priorisée par tous les experts qui travaillent avec l'idée de développer des vaccins commerciaux et autogènes mieux adaptés aux virus qui circulent dans les populations porcines. Les techniques proposées classifient les sous-types (H1) et les sous-types (H3). Pour plus de détails, voir le Portrait de la circulation des virus influenza (clades H|N).

La synthèse des analyses des séquences du gène HA disponibles dans les bases de données de trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) et celles disponibles au “Laboratoire national de microbiologie de Winnipeg” montrent que la distribution des virus influenza porcins du Québec (2018-2020), dans le système de classification nord-américain est assez différente des virus retrouvés en Ontario et dans l’Ouest du pays (MB). Pour plus de détails, voir: Portrait de la circulation des virus influenza (clades H|N). On remarquera que le clade dominant des virus H1 au Québec est le clade “β” et qu'il n'a presque pas de virus H1 du clade “α”. Les données disponibles suggèrent la situation inverse au Manitoba (dominance du clade de “α” et absence du clade “β”). Finalement, les données disponibles suggèrent la présence de ces deux clades (α et β) en Ontario. Cette observation n'est pas si surprenante, car il y a globalement peu de transport de porcs de l'Ouest du pays vers le Québec.

La vaccination pour l'influenza est une technique de prévention et de contrôle de la grippe reconnue par tous les professionnels de la santé humaine et des diverses espèces animales. Les travaux scientifiques et les observations terrain montrent tous l'importance de l'homologie entre la ou les souches de virus intégré dans le vaccin et celles qui circulent dans la population ciblée.

Les producteurs du secteur porcin canadien ont accès à certains vaccins commerciaux et ils ont aussi l'option de développer des vaccins autogènes conformément aux directives de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA).

Plusieurs vétérinaires et producteurs de porcs du Québec sont intéressés par le développement et le déploiement de vaccins autogènes qui ciblent plus précisément les souches en circulation dans les élevages au Québec car les vaccins commerciaux sont souvent peu efficaces car ils ne contiennent pas les bonnes souches.

La synthèse des informations disponibles montre qu'il y a deux options de travail pour le développement des vaccins autogènes:

1. Isolement, culture des virus ciblés et fabrication d’un vaccin à virus inactivé et adjuvanté (technique de Gallant Laboratories)
2. Synthèse de particules d'ARN homologue gène H des virus ciblés et fabrication d’un vaccin (Technologie Sequivity de Merck).

Les vétérinaires de systèmes de production du Québec ont déjà développé des vaccins autogènes pour les animaux de leurs systèmes de production avec ces deux technologies. La technologie Sequivity (Merck) est plus récente et elle suscite beaucoup d'intérêt, car elle n'exige pas la culture du virus.

Les discussions et les consultations avec le personnel technique des trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) qui ont l'expertise pour analyser et interpréter les données des séquences HA ont montré que les méthodologies étaient basées sur des concepts biologiques similaires, mais que les procédures de travail étaient différentes entre les institutions et les experts. Trois principes sont utilisés pour comparer et identifier les souches qui pourraient être de bons candidats pour la fabrication d'un vaccin autogène:

1. Méthode des clades (tous les experts)
2. Méthode des épitopes, un concept qui intègre plusieurs sites antigéniques (Demeter)
3. Méthode de certains sites antigéniques ciblés (FMV et Biovet)

Malgré la diversité des méthodologies, la synthèse du travail réalisé par les trois laboratoires montre qu'ils arrivent tous à la même conclusion (voir les différents rapports). Quelques souches de virus (6 à 10) devraient suffirent pour rejoindre une proportion importante des souches en circulation dans la population porcine du Québec. Ce concept est particulièrement bien visible sur les représentations tridimensionnelles réalisées par le Dr Robert Charette (avec autorisation).

• Une projection tridimensionnelle de la matrice de distance des épitopes (H1_QC) (voir ici)
• Une projection tridimensionnelle de la matrice de distance des épitopes (H3_QC) (voir ici)

Les informations collectées durant ce projet sont favorables au concept de développement de vaccins régionaux. Cette idée est porteuse mais, il faudrait valider ce concept par la réalisation d'un projet pilote.

Les vétérinaires et les producteurs de porcs du Québec ont beaucoup d'intérêt pour le développement et déploiement de vaccins régionaux. Conceptuellement, les activités requises pour le développement et le déploiement d'un vaccin autogène dans une ferme ou un système de production sont assez similaires à celles qui sont requises pour le développement et le déploiement d'un vaccin autogène pour les producteurs d'une région (sélection des souches et fabrication d'un vaccin). Dans les deux situations, le promoteur de la stratégie devra respecter les directives de l'ACIA.

Au moment d'écrire ces lignes (automne 2020), les professionnels de la santé du secteur porcin doivent comprendre que l'ACIA propose des directives claires pour le développement de vaccins autogènes qui seront déployées à la ferme, mais ne proposent aucune directive pour le développement de vaccins régionaux.

Cinq actions structurantes ont été retenues et sont recommandées par l'équipe santé et biosécurité du CDPQ.

1. Mettre en place un incitatif pour augmenter le séquençage et caractériser les virus influenza (H1 et H3).
2. Élaborer un concept de partage de séquences pour disposer d’un inventaire complet et détaillé de la diversité des souches en circulation au Québec.
3. Promouvoir le développement de vaccins commerciaux et de vaccins autogènes régionaux adaptés aux souches de virus en circulation au Québec.
4. Promouvoir une clarification du cadre règlementaire de l'agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) pour le développement et le déploiement de vaccins régionaux.
5. Réaliser un projet pilote pour développer et déployer un vaccin régional.