Table des matières
Diagnostic et caractérisation du virus
L'information rapportée dans cette section représente un résumé des informations colligées par l'équipe du CDPQ lors d'une enquête réalisée à l'automne de 2019 dans les différents laboratoires du Québec. Les laboratoires visités sont:
Tous ces laboratoires offrent des services similaires à leurs clients pour réaliser les diagnostics de la présence du virus influenza et pour caractériser les virus (séquençage).
Détection du virus
La détection de la présence du virus influenza est réalisée par PCR dans tous les laboratoires visités.
Caractérisation du virus (H|N)
La caractérisation du virus en sous-types (H1 versus H3 et N1 versus N2) peut être réalisée de différentes manières. Les techniques modernes les plus fréquentes consistent à l'utilisation des outils basés sur l'amplification et la caractérisation du génome (PCR et de séquençage de virus).
PCR et Séquençages
- Recherche des sous-types (H1, H3, N1, N2) par des outils PCR (plusieurs laboratoires).
- Séquençage de la partie HA du virus suivi de l'analyse phylogénétique (plusieurs laboratoires).
- Séquençage de la partie NA du virus suivi de l'analyse phylogénétique (aucun laboratoire).
- Séquençage du virus influenza au complet (8 gènes) suivi de l'analyse phylogénétique (laboratoire de virologie de la FMV).
Épreuve d'inhibition de l'hémagglutination (IHA)
Les tests d'inhibition de l'hémagglutination restent la référence pour détecter les anticorps Influenza qui sont en corrélation avec la protection contre l'infection. Lorsqu'ils sont correctement effectués, ces tests peuvent être utilisés pour prédire la protection croisée entre différentes souches du virus et restent la meilleure méthode pour détecter la présence d’anticorps réactifs croisés induits par l'exposition naturelle, vaccins ou anticorps maternel 1)2).
Ce type de tests n'est plus réalisé de façon routinière dans les laboratoires visités par l'équipe du CDPQ en 2019. La disponibilité et l'accessibilité à ce type de test sont souvent exigées pour vérifier l'efficacité des vaccins proposés par les différents fabricants.
Séquençage du virus
Tous les laboratoires du Québec offrent un service de séquençage du virus influenza. La revue conceptuelle (2019) et les consultations avec les différents laboratoires ont permis de constater que la procédure retenue par la majorité des laboratoires pour caractérisé les virus influenza est le séquençage du gène HA du virus influenza.
Le laboratoire de virologie de la Faculté de médecine vétérinaire offre également le service de séquençage du génome au complet.
Le tableau suivant montre une estimation du nombre de bases obtenues lors du séquençage des 8 gènes du virus influenza3)
| Segment | Protéine(s) | Nucléotides(n) | Acides aminés(n) | Description | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | PB1 | 2341 | 759 | Polymérase (PB1) | |
| 2 | PB2 | 2341 | 757 | Polymérase (PB2) | |
| 3 | PA | 2233 | 716 | Polymérase (PA) | |
| 4 | HA | 1778 | 550 | Hémagglutinine (HA) | |
| 5 | NP | 1565 | 498 | Régulateurs du génome (NP) | |
| 6 | NA | 1413 | 454 | Neuraminidase (NA) | |
| 7 | M | 1027 | 252 | Protéine de la matrice (M1, M2) | |
| 8 | NS | 890 | 230 | Régulateurs du génome | |
| Total | 13588 | 4216 | |||
Culture virale
La culture du virus influenza est une étape essentielle pour la fabrication des vaccins élaborés sur la base de virus influenza vivants atténués ou tués.
La culture du virus influenza n'est plus réalisée de façon routinière dans les laboratoires visités par l'équipe du CDPQ en 2019. La culture virale est offerte en service de routine par le laboratoire Gallant Custom Laboratories localisé à Cambridge en Ontario.