Virus Influenza Porcin (VIP), initiatives du Québec

"Hyperlien vers l'outil OCVIP du CDPQ"

Une équipe de professionnel du Québec a développé un outil de classification des virus influenza porcin à partir de la séquence des nucléotides du gène HA. Cet outil est accessible en ligne et c'est un outil qui est similaire à l'outil ISU Fluture "HA Identity tool" avec des adaptations pour la réalité du Québec.

L'outil OCVIP du CDPQ produit deux informations :

1. Identification du clade du gène HA du virus dans le système de classification Nord-Américain (voir ici).
2. Comparaison (% de similitude) avec la séquence du virus du même clade qui est dans le Vaccin Influenza Porcin Autogène Régional actuellement en vente .

L'outil de de classification du CDPQ est constitué de quatre modules:

1. Un module de saisie des données des séquences des nucléotides (ACGT) de la protéine HA des virus influenza porcins est présenté sur la page d'accueil de l'outil de classification OCVIP.
2. Un module qui va soumettre la séquence saisie par le client à l'outil de classification des virus influenza porcin Octoflu ¹⁾. Cet outil va identifier le clade du gène HA de la séquence soumise.
3. Après l'identification du virus, un autre programme de l'outil va estimer la similitude (homologie) de la souche soumise avec le virus correspondant dans le vaccin influenza porcin autogène régional. Si la famille du virus identifié par l'outil n'est pas dans le vaccin, le rapport indiquera le nom de la famille du virus avec la mention “Aucune homologie avec le vaccin”.
4. À la fin du processus, le système donnera un accès à divers rapports qui pourront être visualisés et télécharger par l'utilisateur. Le rapport synthèse du processus est un fichier nommé rap_influenza.pdf