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Acides aminés (∼ 550 aa pour ∼ 1700 nucléotides pour HA)

Les nucléotides (ATGC)1) des gènes (ARN et ADN) contiennent le code pour la synthèse des acides aminés. Les nucléotides sont organisés en codons de trois nucléotides 2). Chaque codons correspond à un seul acide aminés. Certains acides aminés sont associés à plus d'un codons qui seront alors décrits comme des codons synonymes.

Pour simplifier les analyses des codes génétiques, les chercheurs de plusieurs disciplines transforment les codons (ARN ou ADN) en acides aminés. De plus, pour simplifier l'analyse, les différents acides aminés sont généralement représentés sous la forme d'une lettre voir le tableau de correspondance plus loin.


Acides aminés critiques pour H3 (Abente)

Deux laboratoires du Québec (Biovet et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Abente comme possible indicateur de la réponse immunitaire pour les sous-types H3 (six acides aminés en position 145, 155, 156, 158, 159 et 189) 3).

Acides aminés critiques pour H1 et H3 (Stray)

Les trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Stray et Pitmann 2012 4) comme possible indicateur de la réponse immunitaire

Épitopes et leurs acides aminés (H1)

  • Sa_H1 = [ 128, 129, 163, 165, 166, 167, 247, 248]
  • Sb_H1 = [156, 159, 189, 190, 192, 193, 196, 197, 198]
  • Ca1_H1 = [169, 173, 207, 212, 240, 241, 242, 243, 244, 245]
  • Ca2b_H1 = [132, 133, 140, 143,144, 145, 149, 224, 225]
  • Cb_H1 = [51, 74, 75, 77, 78, 79, 117, 149, 255, 256, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266]
  • H1C_H1 = [86, 272, 273,274,275,276,277, 279,280, 281,282, 286]

Épitopes et leurs acides aminés (H3)

  • A_H3 = [121,122,123,124,125,126,127,129,131,132,133,134,135,136,137,138,140,142,143,144,145,146]
  • B_H3 = [155,156,157,158,159,160,186,188,189,190,192,193,194,196,197,198,199,246,247]
  • C_H3 = [49,50,53,54,271,273,275,276,278]
  • D_H3 = [167,201,202,203,204,205,206,207,214,216,217,218,219,220,222,223,225,226,227,242]
  • E_H3 = [62,63,75,78,79,80,81,82,83,91,92,94]

Abréviation pour les acides aminés dans les analyses de séquences

Le tableau ci-dessous adaptation de Wikipédia présente les codons d'ARN messager correspondant à chacun des 22 acides aminés protéinogènes. Les valeurs relatives à l'abondance relative des acides aminés dans les protéines varient légèrement suivant les espèces et les bases de données utilisées. Elles sont données ici à titre indicatif.

CourtAbbrev.Codon(s)Codons synonymes
AlanineAAlaGCU, GCC, GCA, GCG4
CysteineCCysUGU, UGC2
Aspartic acidDAspGAU, GAC2
Glutamic acidEGluGAA, GAG2
PhenylalanineFPheUUU, UUC2
GlycineGGlyGGU, GGC, GGA, GGG4
HistidineHHisCAU, CAC2
IsoleucineIIleAUU, AUC, AUA3
LysineKLysAAA, AAG2
LeucineLLeuUUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG6
MethionineMMetAUG1
AsparagineNAsnAAU, AAC2
PyrrolysineOPylUAG avec élément PYLIS1
ProlinePProCCU, CCC, CCA, CCG4
GlutamineQGlnCAA, CAG2
ArginineRArgCGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG6
SerineSSerUCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC6
ThreonineTThrACU, ACC, ACA, ACG4
SelenocysteineUSecUAG avec élément PYLIS1
ValineVValGUU, GUC, GUA, GUG4
TryptophanWTrpUGG1
TyrosineYTyrUAU, UAC2
Codon-Stop-TermUAA, UAG, UGA3
1)
Chaque chaîne est composée d'une succession de nucléotides qui sont un assemblage de trois molécules : un groupement phosphate, un sucre (désoxyribose) et une base azotée. Les bases azotées sont au nombre de quatre : adénine (notée A), thymine (T), guanine (G), cytosine (C). https://fr.wikipedia.org/wiki/Nucl%C3%A9otide
3)
Abente EJ, Santos J, Lewis NS, Gauger PC, Stratton J, Skepner E, Anderson TK, Rajao DS, Perez DR, Vincent AL. The Molecular Determinants of Antibody Recognition and Antigenic Drift in the H3 Hemagglutinin of Swine Influenza A Virus. J Virol. 2016 Aug 26;90(18):8266-80
4)
Stray and Pittman Virology Journal 2012, 9:91
influenza_aa.1603448753.txt.gz · Dernière modification : 2020/10/23 06:25 de Christian Klopfenstein

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