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Table des matières
Acides aminés (∼ 550 aa pour ∼ 1700 nucléotides pour HA)
Les nucléotides des gènes (ARN et ADN) contiennent le code pour la synthèse des acides aminés. Pour simplifier les analyses des codes génétiques, les chercheurs de plusieurs disciplines transforment les codons (ARN ou ADN) en acides aminés. De plus, pour simplifier l'analyse, les différents acides aminés sont généralement représentés sous la forme d'une lettre voir le tableau de correspondance plus loin.
Concept de codons synonymes
Acides aminés critiques d'un site antigénique (épitope) (Abente)
Deux laboratoires du Québec (Biovet et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Abente comme possible indicateur de la réponse immunitaire (sept acides aminés en position 145, 155, 156, 158, 159, 189 et 193) 1).
Acides aminés épitopes (Stray)
Les trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Stray et Pitmann 2012 2) comme possible indicateur de la réponse immunitaire
Épitopes et leurs acides aminés (H1)
- Sa_H1 = [ 128, 129, 163, 165, 166, 167, 247, 248]
- Sb_H1 = [156, 159, 189, 190, 192, 193, 196, 197, 198]
- Ca1_H1 = [169, 173, 207, 212, 240, 241, 242, 243, 244, 245]
- Ca2b_H1 = [132, 133, 140, 143,144, 145, 149, 224, 225]
- Cb_H1 = [51, 74, 75, 77, 78, 79, 117, 149, 255, 256, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266]
- H1C_H1 = [86, 272, 273,274,275,276,277, 279,280, 281,282, 286]
Épitopes et leurs acides aminés (H3)
- A_H3 = [121,122,123,124,125,126,127,129,131,132,133,134,135,136,137,138,140,142,143,144,145,146]
- B_H3 = [155,156,157,158,159,160,186,188,189,190,192,193,194,196,197,198,199,246,247]
- C_H3 = [49,50,53,54,271,273,275,276,278]
- D_H3 = [167,201,202,203,204,205,206,207,214,216,217,218,219,220,222,223,225,226,227,242]
- E_H3 = [62,63,75,78,79,80,81,82,83,91,92,94]
Abréviation pour les acides aminés dans les analyses de séquences
Le tableau ci-dessous adaptation de Wikipédia présente les codons d'ARN messager correspondant à chacun des 22 acides aminés protéinogènes. Les valeurs relatives à l'abondance relative des acides aminés dans les protéines varient légèrement suivant les espèces et les bases de données utilisées. Elles sont données ici à titre indicatif.
| Acide aminés | Court | Abbrev. | Codon(s) | Nucléotides (n) |
|---|---|---|---|---|
| Alanine | A | Ala | GCU, GCC, GCA, GCG | 12 |
| Cystéine | C | Cys | UGU, UGC | 6 |
| Aspartic acid | D | Asp | GAU, GAC | 6 |
| Glutamic acid | E | Glu | GAA, GAG | 6 |
| Phenylalanine | F | Phe | UUU, UUC | 6 |
| Glycine | G | Gly | GGU, GGC, GGA, GGG | 12 |
| Histidine | H | His | CAU, CAC | 6 |
| Isoleucine | I | Ile | AUU, AUC, AUA | 9 |
| Lysine | K | Lys | AAA, AAG | 6 |
| Leucine | L | Leu | UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG | 18 |
| Méthionine | M | Met | AUG | 3 |
| Asparagine | N | Asn | AAU, AAC | 6 |
| Pyrrolysine | O | Pyl | UAG* | 4 |
| Proline | P | Pro | CCU, CCC, CCA, CCG | 12 |
| Glutamine | Q | Gln | CAA, CAG | 6 |
| Arginine | R | Arg | CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG | 18 |
| Serine | S | Ser | UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC | 18 |
| Threonine | T | Thr | ACU, ACC, ACA, ACG | 12 |
| Selenocysteine | U | Sec | UGA** | 5 |
| Valine | V | Val | GUU, GUC, GUA, GUG | 12 |
| Tryptophan | W | Trp | UGG | 3 |
| Tyrosine | Y | Tyr | UAU, UAC | 6 |
| Stop codon | - | Term | UAA, UAG, UGA | 9 |
| Moyenne | 8 |