Le format FASTA est constitué d'un minimum de deux lignes. La ligne 1 décrit la séquence en commençant par le signe '>' suivi par d'autres informations tel que l'identifiant de la séquence. Deux exemples:

Exemple A: la séquence de virus est sur une seule ligne

>Identifiant
ATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTTATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTT

Exemple B: la séquence de virus est sur plusieurs lignes

Identifiant

ATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTT ATCATGCGAATAATTCAACTGACACTGTTGATACAGTCTTAGAAAAGAATGTAACAGTAACACACTCTGT CAACCTTCTAGAAGACAAACATAATGGGAAATTATGCAAACTAAGGGGAAAAGCCCCATTGTACTTGGGT AAATGTAACATTGCTGGATGGCTTTTGGGAAACCCAGAGTGTGAATTACTATTCACAGTAAGCTCATGGT CCTACATTGTGGAGACATCTGACTCAGACAATGGGACATGTTATCCTGGAGATTTCACCAATTATGAAGA GCTGAGAGAGCAATTGAGTTCAGTGTCATCATTTGAAAGATTTGAGATGTTCCCCAAAGAAAGTTCATGG CCCAACCACGAAACAAACAAAGGTGTGACAGCAGCTTGCCCTTATGCTGGAGCAAGCAGTTTCTACAGAA