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Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 dans Octoflu (2023)
Les noms des clades rapportés par l'outil OCVIP du CDPQ sont ceux qui sont inclus dans la base de données de référence de l'outil Octoflu mise à jour le 12 septembre 2023 1) avec un ajustement mineur pour deux clades (Le clade “2010-human_like” est renommé 2010.1 et le clade “2016-human_like” est renommé 2010.2)).
Dans la mise à jour récente, il y a eu quelques changements de certains noms de clades (ex: clade H1 alpha-3 devient le clade H1 alpha-del). Le système de classification antérieur est accessible sur la page classification OctoFlu (2019-2023).
Dans le tableau, le premier nom correspond à l'identification du virus utilisé au Canada (QC) 2). Le code avec des chiffres entre parenthèses est un système de classification utilisé dans d'autres parties du monde tel que la communauté européenne (Nom_CE). Vous trouverez plus d'informations sur la page Clades et lignées.
| Nom_CÉM (nom_EU) | Nom_CÉM (nom_EU) | |
|---|---|---|
| 1 | H1 alpha (1A.1.1) | H3 Cluster IV «C_IV » (1990.4) |
| 2 | H1 alpha-1 (1A.1.1.1) | H3 Cluster IVA «C_IVA » (1990.4.a) |
| 3 | H1 alpha-2 (1A.1.1.2) | H3 Cluster IVB1 «C_IVB1 » (1990.4.b1) |
| 4 | H1 alpha-del (1A.1.1.3) | H3 Cluster IVB2 «C_IVB2 » (1990.4.b2) |
| 5 | H1 alpha-del-a (1A.1.1.3.1) | H3 Cluster IVC «C_IVC » (1990.4.c) |
| 6 | H1 beta (1A.2) | H3 Cluster IVD «C_IVD » (1990.4.d) |
| 7 | H1 delta1 (1B.2.2) | H3 Cluster IVE «C_IVE » (1990.4.e) |
| 8 | H1 delta1a (1B.2.2.1) | H3 Cluster IVF «C_IVF » (1990.4.f) |
| 10 | H1 delta1b (1B.2.2.2) | H3 Cluster IVG «C_IVG » (1990.4.g) |
| 11 | H1 delta2 (1B.2.1) | H3 Cluster IVH «C_IVH » (1990.4.h) |
| 12 | H1 gamma (1A.3.3.3) | H3 Cluster IVI «C_IVI » (1990.4.i) |
| 13 | H1 gamma2 (1A.3.2) | H3 Cluster IVJ «C_IVJ » (1990.4.j) |
| 14 | H1 gamma-c1 (1A.3.3.3-c1) | H3 >2010-human_like «2010.1 » (2010.1) |
| 15 | H1 gamma-c2 (1A.3.3.3-c2) | H3 >2016-human_like «2010.2 » (2010.2) |
| 16 | H1 gamma-c3 (1A.3.3.3-c3) | |
| 17 | H1 pdm (1A.3.3.2) | |
| 18 | H1 pdm-vaccine (1A.3.3.2-vaccine) | |
1)
Chang, J., Anderson, T.K., Zeller, M.A., Gauger, P.C., and Vincent, A.L. (2019). “octoFLU: Automated classification to evolutionary origin of influenza A virus gene sequences detected in U.S. swine” Microbiology Resource Announcements 8(32), e00673-19. L'outil est disponible en mode «Open Source» sur GitHUB.
2)
La nomenclature retenue pour le Canada est une copie conforme à celle qui était proposée dans l'outil en ligne avec deux modifications mineures. Le clade “2010-human_like” est renommé 2010.1 et le clade “2016-human_like” est renommé 2010.2
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