Différences

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--- influenza_abc_epitopes [2020/09/09 14:48] – Valérie Dufour
+++ influenza_abc_epitopes [2026/09/18 01:33] (Version actuelle) – Christian Klopfenstein
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-===== Épitopes =====
-Un épitope, aussi appelé déterminant antigénique, est une molécule qui peut être reconnue par un paratope (partie variable d'un anticorps ou d'un récepteur membranaire des lymphocytes B : BCR), pour déterminer si elle appartient au domaine du soi ou au domaine du non-soi. Un antigène est caractérisé par ses épitopes, si ses épitopes sont reconnus comme appartenant au non-soi alors il est lui-même immédiatement reconnu comme appartenant au non-soi. Cette reconnaissance épitope/paratope est donc à la base de la réponse immunitaire spécifique : elle permet la sélection clonale, c’est-à-dire la sélection des acteurs capables de s'attaquer spécifiquement à l'antigène correspondant à un épitope particulier [[https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89pitope|Wikipédia]].
+===== Épitopes de la protéine "hémagglutinine"   =====
-Plusieurs auteurs ont publié de l'information sur la localisation des acides aminés de certains épitopes qui pourraient être impliqués dans le développement de la réponse immunitaire de l'hôte envers les virus influenza.
+//Ce texte a été rédigé par Christian Klopfenstein avec les informations de Robert Charette et l'assitance de Google Gemini.  Les informations proviennent des articles en référence.//
-===== Épitopes influenza H1 =====
+Un épitope (ou déterminant antigénique) est la région spécifique d'une macromolécule (généralement une protéine ou un polyoside) qui est reconnue de manière ciblée par le système immunitaire.
-Pour chaque épitope, chaque numéro de la série de nombre représente la position d'un acide aminé sur la séquence du gène HA. Les
-**#Caton & Brownlee 1982, Cell 31:417-427**
+Les épitopes de la tête globulaire de l'hémagglutinine ont été identifié dans les années 1980 et ils sont aujourd'hui fréquemment utilisé  pour la sélection des vaccins influenza.
-  * Caton_epitope_Sa_H1 = [128, 129, 158,160,162,163, 165, 166, 167]
-  * Caton_epitope_Sb_H1 = [156,159,192, 193, 196, 198]
-  * Caton_epitope_Ca1_H1 = [169, 173, 207, 240]
-  * Caton_epitope_Ca2_H1 = [140, 143, 145, 224, 225]
-  * Caton_epitope_Cb_H1 = [78, 79, 81, 82, 83, 122]
-**# Browlee & Fodor 2001, Phil. Trans. R. Soc. Lond. B  356, 1871-1876, doi 10.1098/rstb.2001.1001**
+  * **Sites A, B, C, D, E (H3)** : Établis par Wiley, Wilson et Skehel (1981) (Nature) grâce à la cristallographie aux rayons X et au séquençage de mutants d'échappement sélectionnés par anticorps monoclonaux.
-  * Browlee_epitope_Sa_H1 = [128, 129, 156, 158, 159,160,162,163, 165, 166, 167]
+  * **Sites Sa, Sb, Ca1, Ca2, Cb (H1)** : Cartographiés par Gerhard, Yewdell et leurs collaborateurs (1981) (Nature / Journal of Experimental Medicine) selon la même approche expérimentale.
-  * Browlee_epitope_Sb_H1 = [187,188,189,192, 193, 196, 198]
-  * Browlee_epitope_Ca1_H1 = [169, 170,171, 172,173,178, 206,207, 239,240]
-  * Browlee_epitope_Ca2_H1 = [140, 141,142,143,144, 145, 224, 225]
-  * Browlee_epitope_Cb_H1 = [78, 79, 80, 81, 82, 83, 122]
-**#Qi & Lu 2006.Genetic characterization of novel reassortant H1N2 influenza A viruses isolated from pigs in southeastern China. Arch Virol (2006) 151: 2289–2299, DOI 10.1007/s00705-006-0796-x**
+----
-  * Qi_epitope_Sa_H1 = [121,124.125,154,155,157,158,159,160,161,162,163,164]
-  * Qi_epitope_Sb_H1 = [153,156,186,189,190,191,193,194,195]
-  * Qi_epitope_Ca_H1 = [137,138,1329,140,142,166,168,169,170,204,205,221,222,237]
-  * Qi_epitope_Cb_H1 = [69,70,71,72,73,74,75,115]
-**#Deem & Pan 2009. Protein Engineering, Design & Selection vol. 22 no. 9 pp. 543–546**
+==== Adaptation par l'équipe du CDPQ  =====
-  * A (Sa) = [118, 120, 121, 122, 126, 127, 128, 129, 132, 133, 134, 135, 137, 139, 140, 141, 142, 143, 146, 147, 149, 165, 252, 253]
+Les acides aminés représentés par ces épitopes sont retrouvés dans les rapports générés par l'outil OCVIP. A titre d'exemples voir: {{ :h1n1pan_vipar2026.pdf |H1N1pan_VIPAR2026}} et {{ :h3n2_2010.1_vipar2026.pdf |H3H2_2010.1_VIPAR2026.pdf}}
-  * B (Sb) =[124, 125, 15,2 153, 154, 155, 156, 157, 160, 162, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 191, 193, 194, 195, 196]
-  * C = [34, 35, 3,6 37, 38, 40, 41, 43, 44, 45, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 276, 277, 278, 283, 288, 292, 295, 297, 298, 302, 303, 305, 306, 307, 308, 309, 310]
-  * D (Ca) = [89, 94, 95, 96, 113, 117, 163, 164, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 176, 179, 198, 200, 202, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 235, 237, 241, 24,3 244, 245]
-  * E (Cb) = [47, 4,8 5, 51, 53, 54, 56, 57, 58, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 78, 79, 80, 82, 83, 84, 85, 86, 102, 257, 258, 259, 260, 261, 263, 267]
+=== Épitopes retenus pour les H1 (nombre d'acides aminés) ===
-**#Stray and Pittman Virology Journal 2012, 9:91 complete list**
+  - Sa (13 aa)
+  - Sb (10 aa)
+  - Ca1 (12 aa)
+  - Ca2 (8 aa)
+  - Cb (6 aa)
-  * Stray_epitope_Sa_H1 = [ 128, 129, 163, 165, 166, 167, 247, 248]
+=== Épitopes retenu pour les H3 (nombre d'acides aminés) ===
-  * Stray_epitope_Sb_H1 = [156, 159, 189, 190, 192, 193, 196, 197, 198]
-  * Stray_epitope_Ca1_H1 = [169, 173, 207, 212, 240, 241, 242, 243, 244, 245]
-  * Stray_epitope_Ca2b_H1 = [132, 133, 140, 143,144, 145, 149, 224, 225]
-  * Stray_epitope_Cb_H1 = [51, 74, 75, 77, 78, 79, 117, 149, 255, 256, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266]
-  * Stray_epitope_H1C_H1 = [86, 272, 273,274,275,276,277, 279,280, 281,282, 286]
+  - A (19 aa)
+  - B (22 aa)
-**# Skowronski et al. 2014.   Journal of Infectious Diseases 210:126–37**
+  - C (27 aa)
+  - D (41 aa)
-  * Skowronski_epitope_Sa_H1 = [124,125,128,153,154,155,156,157,159,160,161,162,163,164]
+  - E (22 aa)
-  * Skowronski_epitope_Sb_H1 = [184,185,186,187,188,189,190,191,192, 193,194,195]
-  * Skowronski_epitope_Ca1_H1 = [166,167,168,169,170,235,236,237]
-  * Skowronski_epitope_Ca2_H1 = [137,138,139,140, 141,142,221,222]
-  * Skowronski_epitope_Cb_H1 = [70,71,72,73,74,75]
 ----
-===== Épitopes influenza H3 =====
+=== Références ===
-Pour chaque épitope, chaque numéro de la série de nombre représente la position d'un acide aminé sur la séquence du gène HA.
-**# Lee M, Chen JS. Predicting Antigenic Variants of Influenza A/H3N2 Viruses. Emerg Infect Dis. 2004;10(8):1385-1390. https://dx.doi.org/10.3201/eid1008.040107**
+Brownlee, G. G., et E. Fodor. 2001. « The Predicted Antigenicity of the Haemagglutinin of the 1918 Spanish Influenza Pandemic Suggests an Avian Origin ». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences 356 (1416): 1871‑76. https://doi.org/10.1098/rstb.2001.1001.
+Caton, Andrew J., George G. Brownlee, Jonathan W. Yewdell, et Walter Gerhard. 1982. « The antigenic structure of the influenza virus A/PR/8/34 hemagglutinin (H1 subtype) ». Cell 31 (2, Part 1): 417‑27. https://doi.org/10.1016/0092-8674(82)90135-0.
+Deem, M. W., et K. Pan. 2009. « The Epitope Regions of H1-Subtype Influenza A, with Application to Vaccine Efficacy ». Protein Engineering Design and Selection 22 (9): 543‑46. https://doi.org/10.1093/protein/gzp027.
+Lee, Min-Shi, et Jack Si-En Chen. 2004. « Predicting Antigenic Variants of Influenza A/H3N2 Viruses ». Emerging Infectious Diseases 10 (8): 1385‑90. https://doi.org/10.3201/eid1008.040107.
+Lees, William D., David S. Moss, et Adrian J. Shepherd. 2010. « A Computational Analysis of the Antigenic Properties of Haemagglutinin in Influenza A H3N2 ». Bioinformatics 26 (11): 1403‑8. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq160.
+Qi, X., et C. P. Lu. 2006. « Genetic Characterization of Novel Reassortant H1N2 Influenza A Viruses Isolated from Pigs in Southeastern China ». Archives of Virology 151 (11): 2289‑99. https://doi.org/10.1007/s00705-006-0796-x.
+Skowronski, Danuta M., Naveed Z. Janjua, Suzana Sabaiduc, et al. 2014. « Influenza A/Subtype and B/Lineage Effectiveness Estimates for the 2011–2012 Trivalent Vaccine: Cross-Season and Cross-Lineage Protection With Unchanged Vaccine ». The Journal of Infectious Diseases 210 (1): 126‑37. https://doi.org/10.1093/infdis/jiu048.
+Stray, Stephen J., et Lindsey B. Pittman. 2012. « Subtype- and Antigenic Site-Specific Differences in Biophysical Influences on Evolution of Influenza Virus Hemagglutinin ». Virology Journal 9 (1): 91. https://doi.org/10.1186/1743-422X-9-91.
-  * epitope_A_H3 = [122,124,126,130,131,132,133,135,137,138,140,142,143,144,145,146,150,152,168]
-  * epitope_B_H3 = [128,129,155,156,157,158,159,160,163,165,186,187,188,189,190,192,193,194,196,197,198]
-  * epitope_C_H3 = [44,45,46,47,48,50,51,53,54,273,275,276,278,279,280,294,297,299,300,304,305,307,308,309,310,311,312]
-  * epitope_D_H3 = [96,102,103,117,121,167,170,171,172,173,174,175,176,177,179,182,201,203,207,208,209,212,213,214,215,216,217,218,219,226,227,228,229,230,238,240,242,244,246,247,248]
-  * epitope_E_H3 = [57,59,62,63,67,75,78,80,81,82,83,86,87,88,91,92,94,109,260,261,262,265]
-**# Lee et al. 2010 BIOINFORMATICS 26:1403–1408 doi:10.1093/bioinformatics/btq160 241 residues**
-  * Lee_epitopeA = [71, 72, 98, 122, 124, 126,127, 130,131,132,133, 135,137, 138, 140, 141,142,143,144,145,146,148,149, 150,151,152, 168, 255]
-  * Lee_epitopeB = [128, 129, 155–160,161,162, 163,164,165,186,187,188,189,190, 192–194, 196,197,198,199]
-  * Lee_epitopeC = [41,42,43,44,45,46,47,48,49, 50, 51,52, 53, 54, 55,271,272,273,274, 275, 276, 278,280,282, 284,285, 287,288,289,290,291,292,293, 294,295,296, 297, 298,299, 300,301,303, 304, 305, 307,308,309,310,311,312, 313, 314]
-  * Lee_epitopeD = [95,96, 97,99,100,101, 102, 103, 104, 105, 107,117,118, 120, 121, 167, 166, 169,
-  * 170,171,172,173,174,175,176,177,178, 179, 180, 182,183,184, 200,201, 203,204,205,206,
-  * 207,208,209,210,211, 212,213, 214,215,216,217,218,219, 220,221,222,223,224,225,226,227,228,229,230,231,232,233,234,235,236,
-  * 238, 239,240, 242, 243,244,245, 246,247,248,248, 257,258]
-  * Lee_epitopeE = [56,57,58, 59, 60,62, 63,64, 65,67, 68,69,70,73,74,75, 76,77, 78,79,80,81,82,83,84,85, 86,87,88,89,90, 91, 92,  93,94,109, 110,11,112,113,114,115,119,259,260,261,262,263,264,  265, 267,268,269,270]
-**# Stray and Pittman 2012 Virology Journal 9:91**
-  * epitope_A_H3 = [121,122,123,124,125,126,127,129,131,132,133,134,135,136,137,138,140,142,143,144,145,146]
-  * epitope_B_H3 = [155,156,157,158,159,160,186,188,189,190,192,193,194,196,197,198,199,246,247]
-  * epitope_C_H3 = [49,50,53,54,271,273,275,276,278]
-  * epitope_D_H3 = [167,201,202,203,204,205,206,207,214,216,217,218,219,220,222,223,225,226,227,242]
-  * epitope_E_H3 = [62,63,75,78,79,80,81,82,83,91,92,94]
-**# Skowronski et al. 2014.   Journal of Infectious Diseases 210:126–37**
-  * epitope_A_H3 = [122,124,126,130,131,132,133,135,137,138,140,142,143,144,145,146,150,152,168]
-  * epitope_B_H3 = [128,129,155,156,157,158,159,160,163,164,165,186,187,188,189,190,192,193,194,196,197,198]
-  * epitope_C_H3 = [44,45,46,47,48,50,51,53,54,273,275,276,278,279,280,294,297,299,300,304,305,307,308,309,310,311,312]
-  * epitope_D_H3 = [96,102,103,117,121,167,170,171,172,173,174,175,176,177,179,182,201,203,207,208,209,212,213,214,215,216,217,218,219,226,227,228,229,230,238,240,242,244,246,247,248]
-  * epitope_E_H3 = [57,59,62,63,67,75,78,80,81,82,83,86,87,88,91,92,94,109,260,261,262,265]
-**#Pepitope calculator  http://www.mwdeem.rice.edu/pepitope/**
-  * epitopeA = [122, 124, 126, 130, 131, 132, 133, 135, 137, 138, 140, 142, 143, 144, 145, 146, 150, 152, 168]
-  * epitopeB = [128,129,155,156,157,158,159,160,163,165,186,187,188,189,190,192,193,194,196,197,198]
-  * epitopeC = [44,45,46,47,48,50,51,53,54,273,275,276,278,279,280,294,297,299,300,304,305,307,308,309,310,311,312]
-  * epitopeD = [96,	102,103,117,121,167,170,171,172,173,174,175,176,177,179,182,201,203,207,208,209,212,213,214,215,216,217,218,219,226,227,228,229,230,238,240,242,244,246,247,248]
-  * epitopeE = [57,59,62,63,67,75,78,80,81,82,83,86,87,88,91,92,94,109,260,261,262,265]