influenza

Acides aminés (∼ 550 aa pour ∼ 1700 nucléotides pour HA)

Les nucléotides (ATGC)¹⁾ des gènes (ARN et ADN) contiennent le code pour la synthèse des acides aminés. Les nucléotides sont organisés en codons de trois nucléotides ²⁾. Chaque codons correspond à un seul acide aminés. Certains acides aminés sont associés à plus d'un codons qui seront alors décrits comme des codons synonymes.

Pour simplifier les analyses des codes génétiques, les chercheurs de plusieurs disciplines transforment les codons (ARN ou ADN) en acides aminés. De plus, pour simplifier l'analyse, les différents acides aminés sont généralement représentés sous la forme d'une lettre voir le tableau de correspondance plus loin.

Acides aminés critiques pour H1 et H3 (Stray)

Les trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Stray et Pitmann 2012 ⁴⁾ comme possible indicateur de la réponse immunitaire

Épitopes et leurs acides aminés (H1)

Sa_H1 = [ 128, 129, 163, 165, 166, 167, 247, 248]
Sb_H1 = [156, 159, 189, 190, 192, 193, 196, 197, 198]
Ca1_H1 = [169, 173, 207, 212, 240, 241, 242, 243, 244, 245]
Ca2b_H1 = [132, 133, 140, 143,144, 145, 149, 224, 225]
Cb_H1 = [51, 74, 75, 77, 78, 79, 117, 149, 255, 256, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266]
H1C_H1 = [86, 272, 273,274,275,276,277, 279,280, 281,282, 286]

Épitopes et leurs acides aminés (H3)

A_H3 = [121,122,123,124,125,126,127,129,131,132,133,134,135,136,137,138,140,142,143,144,145,146]
B_H3 = [155,156,157,158,159,160,186,188,189,190,192,193,194,196,197,198,199,246,247]
C_H3 = [49,50,53,54,271,273,275,276,278]
D_H3 = [167,201,202,203,204,205,206,207,214,216,217,218,219,220,222,223,225,226,227,242]
E_H3 = [62,63,75,78,79,80,81,82,83,91,92,94]

Abréviation pour les acides aminés dans les analyses de séquences

Le tableau ci-dessous présente les codons d'ARN messager correspondant à chacun des 22 acides aminés protéinogènes Adaptation de Wikipédia.

	Abbrev.		Codon(s)	Codons synonymes (n)
Alanine	A	Ala	GCU, GCC, GCA, GCG	4
Cysteine	C	Cys	UGU, UGC	2
Aspartic acid	D	Asp	GAU, GAC	2
Glutamic acid	E	Glu	GAA, GAG	2
Phenylalanine	F	Phe	UUU, UUC	2
Glycine	G	Gly	GGU, GGC, GGA, GGG	4
Histidine	H	His	CAU, CAC	2
Isoleucine	I	Ile	AUU, AUC, AUA	3
Lysine	K	Lys	AAA, AAG	2
Leucine	L	Leu	UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG	6
Methionine	M	Met	AUG	1
Asparagine	N	Asn	AAU, AAC	2
Pyrrolysine	O	Pyl	UAG avec élément PYLIS	1
Proline	P	Pro	CCU, CCC, CCA, CCG	4
Glutamine	Q	Gln	CAA, CAG	2
Arginine	R	Arg	CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG	6
Serine	S	Ser	UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC	6
Threonine	T	Thr	ACU, ACC, ACA, ACG	4
Selenocysteine	U	Sec	UGA avec élément SECIS	1
Valine	V	Val	GUU, GUC, GUA, GUG	4
Tryptophan	W	Trp	UGG	1
Tyrosine	Y	Tyr	UAU, UAC	2
Codon-Stop	-	Term	UAA, UAG, UGA	3

¹⁾

Chaque chaîne est composée d'une succession de nucléotides qui sont un assemblage de trois molécules : un groupement phosphate, un sucre (désoxyribose) et une base azotée. Les bases azotées sont au nombre de quatre : adénine (notée A), thymine (T), guanine (G), cytosine (C). https://fr.wikipedia.org/wiki/Nucl%C3%A9otide

²⁾

https://fr.wikipedia.org/wiki/Codon

³⁾

Abente EJ, Santos J, Lewis NS, Gauger PC, Stratton J, Skepner E, Anderson TK, Rajao DS, Perez DR, Vincent AL. The Molecular Determinants of Antibody Recognition and Antigenic Drift in the H3 Hemagglutinin of Swine Influenza A Virus. J Virol. 2016 Aug 26;90(18):8266-80

⁴⁾

Stray and Pittman Virology Journal 2012, 9:91

Table des matières

Acides aminés (∼ 550 aa pour ∼ 1700 nucléotides pour HA)

Acides aminés critiques pour H3 (Abente)

Acides aminés critiques pour H1 et H3 (Stray)

Abréviation pour les acides aminés dans les analyses de séquences