Virus Influenza Porcin (VIP), initiatives du Québec

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====== Projet no 2 (septembre 2021-mars 2023) ======
===== Titre :  Développement d’un vaccin autogène régional (QC) pour contribuer au contrôle de l'influenza dans les élevages porcins =====

Ce projet est la deuxième étape d’un plan d’action de cinq ans (2020-2025) pour déployer un programme structurant pour le contrôle de l’influenza porcin.

  * 2019-09 – 2020-12 : Revue conceptuelle des actions envisageables à l'échelle provinciale (séquences et vaccins). Toute l’information sur ce travail est disponible en ligne à [[projet1|sommaire du projet #1]].
  * 2021-08 – 2023-07 : Développement d’un vaccin autogène régional (QC) pour contribuer au contrôle de l'influenza dans les élevages porcins (ce projet).
  * 2023-2025 : Deux ou trois projets additionnels seront nécessaires pour valider l’efficacité du vaccin et rendre un programme de contrôle de l’influenza à maturité.

Ce projet avait comme principal objectif d’élaborer, de clarifier et de coordonner les processus nécessaires à la fabrication et au déploiement du premier Vaccin influenza porcin (VIP) autogène régional  pour les producteurs de porcs du Québec. Dans ce document, le vaccin sera décrit par « VIP autogène régional ».

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===== Principales activités réalisées =====

==== Échantillonnage et surveillance de la circulation du virus Influenza ====

Au début de ce projet (septembre 2021), les processus de diagnostic de la présence du virus influenza le plus utilisé au Québec étaient basés sur la collecte de fluides oraux et la soumission de porcelets au laboratoire de nécropsie du MAPAQ. Ces processus sont efficaces pour le diagnostic de la présence du virus, mais les fluides oraux ne semblent pas optimaux pour le séquençage et la culture virale. Dans le cadre de ce projet, Susan Detmer à Saskatoon a vérifié le potentiel d’une lignée cellulaire alternative qui, selon certains chercheurs, permettrait de bonifier les taux de succès avec les fluides oraux. Cette démarche s’est avérée peu concluante. Bref, il y a encore du travail à faire pour trouver des processus d’échantillonnage plus efficace pour être en mesure de faire le séquençage et la culture virale. 

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==== Choix du vaccin et arrimage avec les exigences de l’ACIA ====

L’équipe de réalisation a fini par comprendre que les exigences du personnel du Centre canadien des produits biologiques vétérinaires (CCPBV) de l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) sont un peu plus rigoureuses (élevées) pour le développement d’un VIP autogène régional comparativement à un VIP autogène pour un usage privé. Entre autres, pour le VIP autogène provincial le personnel du CCPBV de l’ACIA exige la réalisation de tests de réponse immunitaire pour toutes les souches incluses dans le vaccin. Par conséquent, l’équipe de réalisation du projet a donc décidé de miser sur la technologie du vaccin de virus inactivé (tué) développé et mis en marché par la compagnie Gallant Custom Laboratories (CEVA).

L’équipe de réalisation du projet a compris que l’exigence de la disponibilité de culture de virus sur des lignées cellulaires pouvait être un enjeu de taille, car aucun laboratoire du Québec n’offre ce service. L’équipe de réalisation a finalement trouvé un laboratoire pour réaliser les cultures virales soit celui de Susan Detmer de l’Université de Saskatoon en Saskatchewan. Les démarches administratives, juridiques et la circulation de la COVID ont ralenti le processus de telle sorte que les premiers échantillons québécois en provenance du MAPAQ ont été mis en culture à Saskatoon au mois de septembre 2022 soit plus de 12 mois après le début du projet.

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==== Élaboration et déploiement d'un processus de sélection des souches candidates ====

Le processus de travail retenu est basé sur le concept d’une analyse des séquences disponibles à tous les six mois par un ou plusieurs experts en biologie moléculaire et en bio-informatique.

L’équipe de réalisation a compris que les différents experts arrivent rapidement à des conclusions plutôt similaires sur les processus d’analyse et de sélection de souches. 

Les experts qui collaborent a cette initiative sont:
  * Dr Carl Gagnon (FMV)
  * M. Christian Savard et Dr André Broes (Biovet)
  * Dr Robert Charette (Demeter)
  * Dre Susan Detmer (Saskatoon)

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==== Élaboration et déploiement d'un processus de fabrication d’un VIP autogène régional ====

Les étapes requises entre le processus de sélection de souches et la disponibilité du vaccin pour une utilisation à la ferme peuvent être résumées en treize points. Les informations entre parenthèse s’appliquent au premier VIP autogène régional (ce projet).

  - Sélection d’isolats de virus (souches) candidats pour le vaccin (complété le 18 novembre 2022).
  - Mise en culture des virus pour vérifier que la croissance est suffisante pour permettre la fabrication du vaccin et s’assurer qu’aucun autre pathogène significatif n’est présent.
  - Compléter un formulaire et un document de processus de validation des caractéristiques du futur vaccin pour une soumission au Centre canadien des produits biologiques vétérinaires (CCBV) de l’ACIA pour approbation du processus (complété en janvier 2023).
  - Obtention de l’autorisation du CCBV de l’ACIA (obtenu au mois de février 2023) 
  - Fabriquer une petite quantité de vaccin pour réaliser les tests de réponse immunitaire (disponible au début mars 2023).
  - Réaliser un test de réponse immunitaire sur un groupe de porcs (minimum 20) en fin de croissance ou de cochettes (réalisation à la fin du mois de mars 2023).
  - Vérifier la présence d’anticorps sur les animaux vaccinés pour les isolats contenus dans le vaccin (présentation le 26 mai 2023).
  - Analyser les résultats, produire un rapport et le soumettre au CCVB pour approbation finale (soumis le 5 juin 2023).
  - Après l’obtention de l’autorisation du CCVB, le laboratoire Gallant Custom Laboratories (CEVA) de Guelph pourra procéder à la fabrication du vaccin (obtenu le 15 juin 2023).
  - Analyse des besoins des produteurs par un vétérinaire pour préparer la commande. Toutes les doses fabriquées doivent être attribuées AVANT l'autorisation de la fabrication. 
  - Fabrication du vaccin 
  - Vente et distribution aux pharmacies vétérinaires (prévu pour septembre/octobre 2023).
  - Achat et utilisation du vaccin par le producteur à la ferme (prévue pour le mois de septembre/octobre 2023).


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==== Vérification de la réponse immunitaire des porcins aux souches présentes dans le vaccin candidat ====

La réalisation d’une étude de réponse immunitaire aux souches qui seront présentes dans le vaccin a permis de montrer que toutes les souches incluses dans le vaccin stimulent une réponse immunitaire.
 
L'étude animale a été réalisée à la ferme de la Maternité d'Armagh située au 300, rang de la Fourche Ouest, Armagh, Québec G0R 1A0.


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==== Coordination des activités entre les parties prenantes ====

Avant de débuter ce projet (mai 2019), le personnel de la direction de la santé animale du MAPAQ (Dre Claudia Gagné Fortin, coordonnatrice du RAIZO porc) a obtenu une entente de principe avec le personnel du Laboratoire de l’ACIA à Winnipeg (Dr Yohannes Berhane, Directeur du laboratoire de Winnipeg) pour que ce dernier réalise le séquençage des souches de virus influenza des échantillons positifs des fermes porcines du Québec. Ce partenariat provincial-fédéral s’inscrit dans la démarche d’une meilleure stratégie de surveillance des maladies endémiques virales qui pourraient se transmettre entre les populations animale et humaine (ex. : Influenza, COVID, etc.). Ce genre de démarche collaborative entre les espèces est habituellement décrite par le vocable « Une seule santé » . 

La consultante vétérinaire du CDPQ (Dre Marie-Claude Poulin), en collaboration avec l’équipe du laboratoire du MAPAQ a coordonné le développement d’un processus de travail pour faire circuler les échantillons de matériel biologique de la ferme vers les laboratoires du MAPAQ, du laboratoire du MAPAQ vers le laboratoire de l’ACIA à Winnipeg, du laboratoire du MAPAQ vers celui de Susan Detmer à Saskatoon et finalement, du laboratoire de Detmer vers le laboratoire du fabricant du vaccin (Gallant Custom Laboratories (CEVA) à Guelph en Ontario).

M. Raphaël Bertinotti des Éleveurs de porcs du Québec a coordonné, en collaboration avec le personnel du Conseil canadien du porc (CCP), une session de concertation avec le personnel de l’agence canadienne d’inspection des aliments. Cette session a eu lieu le 3 septembre 2021 et elle a permis de créer une équipe de travail CDPQ, EPQ-ACIA.

Le travail de préparation des jeux de données pour les experts en biologie moléculaire est réalisé par Mme Valérie Dufour (CDPQ) et Christian Klopfenstein (CDPQ). Les experts en biologie moléculaire ont récupéré (importé) le jeu de données dans leur système et ils ont réalisé les analyses nécessaires pour la sélection des souches de virus candidat à la production de VIP autogène. 


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==== Installation et adaptation d’un outil en ligne pour comparer les souches ====

L'outil est disponible et accessible sur un serveur virtuel privé accessible en ligne [[http://51.222.25.122/
| OCVIP du CDPQ]]




==== Principales conclusions ===== 
  * Le premier VIP autogène régional CDPQ_EPQ a été fabriqué dans les laboratoires de l’entreprise Gallant custom Laboratories (CEVA) de Guelph durant l'été 2023. Ce vaccin est maintenant (automne 2023) disponible aux producteurs de porcs du Québec. 
  * Ce vaccin contient cinq souches de virus méticuleusement sélectionnées pour maximiser le potentiel de protection des porcs du Québec. Le processus de sélection a été réalisé par un processus de concertation de quatre experts qui ont appliqué des techniques de bio-informatique pour la sélection des souches candidates.  De plus, la réalisation d’une étude de réponse immunitaire aux souches qui seront présentes dans le vaccin a permis de montrer que toutes les souches incluses dans le vaccin stimulent une réponse immunitaire des porcs de l’étude.
  * La réponse des producteurs de porcs du Québec à cette initiative dépasse largement les attentes de l’équipe de réalisation de ce projet car ils ont commandé beaucoup de doses de ce vaccin pour une livraison à l’automne 2023. Il est important de souligner que le processus exige un engagement d’achat AVSANT la fabrication d’un vaccin autogène.
  
Bref, ce projet doit être considéré comme une grande réussite, car l'équipe de réalisation du projet a atteint la majorité des objectifs dans un temps relativement court (20 mois). 



===== Financement de ce projet =====
La réalisation de ce projet a été financée par le Programme de développement sectoriel du MAPAQ (PDS 2018-2023),
[[ |Les Éleveurs de porcs du Québec]] et le [[ | Centre de développement du porc du Québec]]. 
Le PDS 2018-2023 a été mis sur pied par le MAPAQ en vertu du Partenariat canadien pour l’agriculture, entente conclue entre les gouvernements du Canada et du Québec. 

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