Virus Influenza Porcin (VIP), initiatives du Québec

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===== Classification des virus (H1|H3) =====

==== Méthodes des sous-types (H|N) ====
La méthodologie classique pour décrire les différents virus influenza porcin est encore souvent basée sur la description des sous-types de virus "H" et "N" [[virus_influenza#sous_types_de_virus_influenza_h_n|(voir la section sur les sous-types de virus)]]. Par exemple les rapports trimestriels du RAIZO (Québec) et ceux du CSHIN|RCSSP (Canada) utilise encore cette méthodologie pour rapporter la diversité des souches au Québec et au Canada ([[rapport_raizo|voir un exemple du tableau inclus dans un rapport RAIZO du MAPAQ]]).   

==== Méthode des clades Nord-Américains pour les H1 et les H3 ====
Cette classification est basée sur le séquençage du gène HA (≈ 1700 bases) et elle est utilisée par plusieurs laboratoires américains et canadiens. Ce système de classification des virus influenza porcins s'inscrit dans la démarche d'un consortium international qui relève de l'Organisation mondiale de la Santé animale (OIE). Ce consortium a été mis sur pied pour donner suite à la dispersion du virus porcin pandémique en 2009. 
 
[[http://www.offlu.net/|Réseau scientifique mondial OIE/FAO pour le contrôle des grippes animales (OFFLU)]]     

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===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====

^  ^Clade H1^Clade H3^
|1|H1-α|Human-like H3|
|2|H1-β|Cluster IV|
|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
|10|  |H3-2010.2|
|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|

=== Références pour les clades H1 et H3 ===

**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H1**
Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.  

[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16))\\
[[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682218300436|Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States (2018)]]
((Rajao DS, Anderson TK, Kitikoon P, Stratton J, Lewis NS, Vincent AL. Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States. Virology. 2018;518:45-54. doi:10.1016/j.virol.2018.02.006))


**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H3**
[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071/|Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016 (2019)]]
((Walia RR, Anderson TK, Vincent AL. Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016. Influenza Other Respir Viruses. 2019;13(3):262-273. doi:10.1111/irv.12559))

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===== Système de classification automatisé des séquences du virus influenza porcin (Octoflu) =====
 
Ce système de classification automatisé permet de classer les séquences de différents gènes des virus influenza dans différents arbres phylogénétiques (H1, H3, M, N1, N2, NP, NS, PA, PB1 et PB2). Le code source de l'outil octoflu est accessible à tous sur [[https://github.com/flu-crew/octoflu|GitHub]] et sur [[https://hub.docker.com/r/flucrew/octoflu|hub.docker]].

[[https://mra.asm.org/content/8/32/e00673-19|Octoflu: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine (2019)]] ((Chang J, Anderson TK, Zeller MA, Gauger PC, Vincent AL. octoFLU: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine. Microbiol Resour Announc. 2019;8(32):e00673-19. Published 2019 Aug 8. doi:10.1128/MRA.00673-19))

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===== Outils de classification accessibles en lignes =====

**ISU Fluture**
Cet outil est disponible en ligne sur le site de Iowa State University. Cet outil permet de classifier les séquences de la protéine HA des sous-types H1 et H3 des virus influenza porcin. 
 
[[https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php | HA Identity tool]]


**Swine H1 Clade Classification Tool**
Cet outil est disponible en ligne sur le site fludb.org. Cet outil permet de classifier les séquences de la protéine HA des sous-type H1 des virus influenza porcin. 


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