Virus Influenza Porcin (VIP), initiatives du Québec

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====== Instructions envoyées aux laboratoires ======

Cette page du wiki présente les instructions transmises aux trois laboratoires du Québec pour préparer un portrait de la circulation du virus influenza dans la population porcine du Québec. Le résultat du portrait est présenté à la page [[portrait_quebec_clades|Portrait de la circulation des virus]].   

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==== Mise en situation ====
L'utilisation de vaccins autogènes régionaux, qui intègrent plusieurs souches de virus influenza, est une technologie envisagée par plusieurs cliniques vétérinaires et partenaires des groupes de contrôle régionaux sur le SRRP (voir ici). Le déploiement d’une telle technologie exige le respect des directives de l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA).  Entre autres, de faire une analyse de la diversité des souches en circulation et d’identifier les souches (maximum =5) à inclure dans un potentiel vaccin.  
Le Centre de développement du porc (CDPQ) à reçu le mandat de réaliser un projet pour les Éleveurs de porcs du Québec (EPQ) pour faire une analyse des actions envisageables à l'échelle provinciale pour mieux comprendre la diversité des souches de virus en circulation au Québec et préciser les opportunités pour le développement de vaccins qui pourraient être utilisés à l’échelle régionale ou provinciale. 
Le projet a été financé par le Ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec (MAPAQ) et les Éleveurs de porcs du Québec (EPQ).  Le projet est dirigé par Christian Klopfenstein (CDPQ) et réalisé par Marie-Claude Poulin (consultante pour le CDPQ).   Le projet comporte trois volets : 1) Revue des concepts et de la littérature; 2) Analyse de la diversité des souches de virus en circulation au Québec; 3) Analyse des actions collectives envisageable à l’échelle provinciale pour une éventuelle intégration dans le plan santé pour les maladies endémiques du secteur porcin québécois (plan 2020-2025). 
Ce document résume les attentes du CDPQ pour l’analyse de la diversité des souches de virus en circulation au Québec (volet no 2 du projet). 
Classification des virus (sous-type et en clades)
Historiquement, l’analyse de la diversité des souches de virus influenza A se résumait à caractériser les deux principales protéines (Hémagglutinine et la Neuraminidase). Globalement, les travaux des chercheurs ont permis d’identifier 18 sous-types de la protéine hémagglutinine (H1… H18) et 11 sous-types de la protéine neuraminidase (N1…N11). Dans le secteur porcin canadien on retrouve essentiellement les sous-types H1N1 et H3N2 et quelques cas de H1N2.  C’est encore la méthodologie présentement utilisée par le système de surveillance québécois (RAIZO) et canadien (RCSSP|CSHIN). 
    
Depuis quelques années, plusieurs laboratoires explorent le potentiel de l’analyse phylogénétique (arbres et clades) des séquences de certaines parties des virus influenza en circulation pour mieux décrire la diversité des souches dans une population ou un territoire.  Bien que les travaux exploratoires aient débuté depuis plus de 10 ans, la description des souches de virus influenza en circulation au Québec et au Canada à partir des séquences était complexe, car le processus de séquençage variait entre les laboratoires et il n’y avait pas de système de classification de référence. 

Cette difficulté est en voie de se résoudre, car, la majorité des laboratoires du Québec et du Canada font maintenant le séquençage complet du gène qui code pour l’hémagglutinine (partie HA du virus) ou même le séquençage du virus au complet (8 gènes).  De plus, un consortium Nord – Américain, principalement dirigé par les universités américaines, propose maintenant un système de classification standardisé pour la classification des sous-type H1 et H3.  Ce système de classification est utilisé par le volet de surveillance des virus influenza du USDA depuis déjà quelques années ((Dernier rapport du USDA sur l’influenza porcin (Q12018) https://www.aphis.usda.gov/animal_health/animal_dis_spec/swine/downloads/fy2018quarter1swinereport.pdf)). De plus, plusieurs outils informatiques sont disponibles pour réaliser cette classification à partir des séquences de la partie HA du virus ((Outils informatiques pour la classification des virus porcins
https://www.fludb.org/brc/h1CladeClassifier.spg?method=ShowCleanInputPage&decorator=influenza
https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php)).  
  * Système de classification des sous-type H1 (alpha, beta, gamma, delta‐1, delta‐2, pandemic H1N1 2009 (H1N1pdm09)).
  * Système de classification des sous-type H3 (Cluster IV, Cluster IV‐A, Cluster IV‐B, Cluster IV‐C, Cluster IV‐D, Cluster IV‐E, Cluster IV‐F, or human‐like)

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==== Attentes de la part des laboratoires du Québec ====
Obtenir un portrait de la diversité des souches de virus influenza en circulation dans les fermes porcines du Québec à partir des données (séquences de la partie HA du virus) et de l’expertise des trois laboratoires qui ont des banques de séquences (FMV, Biovet et Demeter).   

Plus spécifiquement: 
  * Faire une analyse de la diversité des souches Influenzas A (H1 et H3) en circulation dans les fermes porcines du Québec pour vérifier le nombre de clades et/ou souches qui devraient être incluses dans un éventuel vaccin provincial (régional).  Le système de classification proposé par chaque laboratoire pourrait être celui qui est utilisé aux États-Unis ou un autre système.  
  * Faire une analyse des sites antigéniques reconnus ou tout autre éléments reconnus dans la classification des souches.
  * Expliquer les grands principes du modèle retenus par le laboratoire pour comparer les clades et identifier les souches qui seraient éventuellement retenus pour faire un vaccin.
==== Période et le matériel ciblé ====
  * Les données de séquençage de la partie HA des virus influenza A échantillonnés sur les fermes porcines du Québec et du Canada au courant des deux dernières années (2018 et 2019). 
  * Chaque laboratoire pourra utiliser ses propres données et éventuellement inclure les séquences du Québec partagées sur les bases de données publiques ((Les séquences de plusieurs protéines des virus influenza identifié chez le porc et d’autres espèces sont partagé sur des banques de séquences accessibles à tous Ex. : « GenBank du National Center for Biotechnology Information  (USA) »; « DNA DataBank of Japan (DDBJ) »; « European Nucleotide Archive (ENA) ».)) (à la discrétion de chaque laboratoire).   

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==== Laboratoires participants ====

  * Laboratoire de la Faculté de médecine vétérinaire par Dr Carl Gagnon /Dre Chantal Provost. 
  * Laboratoire de Biovet par Dr Christian Savard/ Dr André Broes
  * Laboratoire de Demeter par Dr Robert Charette.
  * Un portrait de la diversité des souches en circulation au Canada sera éventuellement, réalisé par Dr Berhane Yohannes du laboratoire de l'ACIA de Winnipeg. 

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==== Modalité d’application ====
  - Chaque laboratoire recevra le mandat de réaliser un portrait Québec à partir de son propre jeu de séquences et de son expertise. 
  - Chaque laboratoire réalisera la comparaison des différents virus à partir des nucléotides « N » et/ou des acides aminés « AA » de la protéine HA du virus influenza ( ≈1071 N ou ≈ 566 AA). 
  - La comparaison des souches se fera avec le système de classification par clades utilisé par le laboratoire. On demande à chaque laboratoire de minimalement commenter le système de classification proposé par les Américains. 
  - L’emphase de l’analyse devra être faite sur les analyses favorables à la fabrication de vaccins (ex.: nombre de souches nécessaires pour couvrir la région/province).  
	 
Livrables (idéalement avant la fin du mois de mai ou la première semaine du mois de juin)
  * Une présentation de l’analyse qui sera présentée par vidéoconférence à Marie-Claude Poulin et Christian Klopfenstein (maximum 1 heure)
  * Un rapport sommaire (max 3 pages) qui sera éventuellement publié sur un wiki thématique « Influenza » par le CDPQ. 

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==== Cadre juridique et propriété intellectuelle ====
L’information partagée par chaque laboratoire au CDPQ sera considérée comme une œuvre d’art qui appartient aux laboratoires. Le rapport sommaire sera éventuellement publié sur un wiki thématique par le CDPQ.  Le CDPQ s’engage à respecter le cadre juridique (BY-NC-SA) tel que proposé par Creative commons ((https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ca/deed.fr)).