Différences

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-===== Portrait de la circulation des virus influenza =====
-L'équipe santé et biosécurité du CDPQ a demandé aux trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) de réaliser un portrait de la circulation des virus influenza avec les données disponibles dans leur base de données respective.
-Pour maximiser la cohérence des propos, l'équipe du CDPQ a donné un cadre de travail pour préciser les attentes ([[methodeportrait|voir ici]]).
-Plus spécifiquement,
-  * Faire une analyse de la diversité des souches Influenzas A (H1 et H3) en circulation dans les fermes porcines du Québec pour vérifier le nombre de clades et/ou souches qui devraient être incluses dans un éventuel vaccin provincial (régional). Le système de classification proposé par chaque laboratoire pourrait être celui qui est utilisé aux États-Unis ou un autre système.
-  * Faire une analyse des sites antigéniques reconnus ou tous autres éléments reconnus dans la classification des souches.
-  * Expliquer les grands principes du modèle retenus par le laboratoire pour comparer les clades et identifier les souches qui seraient éventuellement retenus pour faire un vaccin.
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-===== Portrait des virus influenza H1N? (2016-2020) =====
-^  Laboratoires du Québec (2018-2020)  ^^^^^^
-^  ^^  Clades H1 (offlu)  ^^^^
-^  ^  Total (n)  ^  H1 α  ^  H1 β  ^  H1 pdm09  ^  Autres*  ^
-|A|  52  |  6  |  37  |  9  |  0  |
-|B|  44  |  0  |  33  |  11  |  0  |
-|C|  87  |  6  |  61  |  20  |  0  |
-^Total (QC)^  183  ^  12  ^  131  ^  40  ^  0  ^
-^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^
-|QC|  17  |  0  |  17  |  0  |  0  |
-|ON|  132  |  52  |  56  |  24  |  0  |
-|MB|  32  |  30  |  0  |  2  |  0  |
-^Total (Canada)^  181  ^  82  ^  73  ^  26  ^  0  ^
-|  * Autres (H1-γ1, H1-γ2, H1-δ1a, H1-δ1b, H1-δ2, H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué))  ||||||
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-===== Portrait des virus influenza H3N? (2016-2020) =====
-^  Laboratoires du Québec (2018-2020)  ^^^^^^^
-^  ^  ^  Clades H3 (offlu)*  ^^^^^
-^Laboratoire^Total (n)^  Cluster IV  ^Cluster IV.b ^Cluster IV.c^Cluster IV ? (<96%) ^H3N2 human-like ^
-|A|  47  |  0  |  33  |  0  |  13  |  1  |
-|B|  48  |  8  |  29  |  11  |  0  |  0  |
-|C|  77  |  0  |  43  |  4  |  30  |  0  |
-^Total (QC)^  172  ^  8  ^  105  ^  15  ^  43  ^  1  ^
-^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^^
-|QC|  26  |  0  |  25  |  0  |  0  |  1  |
-|ON|  61  |  22  |  39  |  0  |  0  |  0  |
-|MB|  25  |  7  |  18  |  0  |  0  |  0  |
-^Total (Canada)^  112  ^  29  ^  82  ^  0  ^  0  ^  1  ^
-|* Les virus influenza H3 identifiés au Québec et au Canada font tous partie du clade IV. Dans les années 1990, ce groupe a été redivisé en 6 sous-groupes IV.a,  IV.b, IV.c, IV.d, IV.e, IV.f. En 2020, plusieurs souches du groupe IV ne sont plus compatibles avec les sous-groupes a-f (< 96% d'homologie).  Bref, le sous-groupe IV* doit être interprété différemment des autres sous-groupes, car il contient tous les virus qui ne sont pas classifiables dans les sous-groupes IV.a -IV.f)||||||
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-===== Rapports des différents laboratoires =====
-==== Rapports de l'ACIA (Canada) ====
-  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/|voir ici]]).
-  * Swine Influenza Virus Surveillance, séquences 2016 Q3 et Q4 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2013-2016_roma_2017_berhane.pdf|voir ici]]).
-  * Swine Influenza Virus Surveillance, séquences 2016-2019 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2017-2019_paris_2019_berhane.pdf|voir ici]]).
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-==== Rapports Biovet (QC) ====
-  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Biovet/|voir ici]])
-  * Le rapport synthèse ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Biovet/portrait_influenza_quebec_biovet_2018-2020.pdf|voir ici]])
-  * Tableaux d'homologies (clades et acides aminés) ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Biovet/matrices_identite_Biovet_tableaux_2_4_7_9_12_2018-2020.xlsx|voir ici]])
-    * Tableau 2. Matrice d'identité des séquences nucléotidiques du gène H1
-    * Tableau 4. Matrice d'identité des séquences d’acides aminés de l’hémagglutinine H1
-    * Tableau 7. Matrice d'identité des séquences nucléotidiques du gène H3
-    * Tableau 9.Matrice d'identité des séquences d’acides aminés de l’hémagglutinine H3
-    * Tableau 12. Sélection de souches H3N2 possédant plus de 98% d’homologie au niveau de leurs séquences en acides aminés (groupes a à h) et 7 acides aminés critiques identiques (groupes I, II et IV)
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-==== Rapport de Demeter (Québec) ====
-  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/|voir ici]])
-  * Le rapport synthèse, séquences 2017-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/portrait_influenza_quebec_demeter_2017-2020.pdf|voir ici]])
-  * Une projection tridimensionnelle de la matrice de distance des épitopes (H1_QC)  ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/H1_QC_mds_2017-2020_mod.html|voir ici]])
-  * Une projection tridimensionnelle de la matrice de distance des épitopes (H3_QC) ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/H3_QC_mds_2017-2020_mod.html|voir ici]])
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-==== Rapport de la FMV (Québec) ====
-  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/|voir ici]])
-  * Le rapport synthèse, séquences 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/portrait_influenza_quebec_fmv_2018-2020.pdf|voir ici]])
-  * Les arbres phylogénétiques 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/arbre_phylo_Influenza_figure%201_et_2.pdf|voir ici]])
-  * Les matrices des clades 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/matrice_clades_tableaux_1_2.xlsx|voir ici]])
-  * Les matrices des acides aminés 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/matrice_aa_tableaux_3_4_5.xlsx|voir ici]])
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