Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- methodeportrait [2020/08/24 22:51] – [Attentes de la part des laboratoires du Québec] Christian Klopfenstein
+++ methodeportrait [2020/10/09 06:41] (Version actuelle) – ↷ Liens modifiés en raison d'un déplacement. Adminwiki CDPQ
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
 ====== Instructions envoyées aux laboratoires ======
-Cette page du wiki présente les instructions transmises aux trois laboratoires du Québec pour préparer un portrait de la circulation du virus influenza dans la population porcine du Québec. Le résultat du portrait est présenté à la page [[portrait_virus|Portrait de la circulation des virus]].
+Cette page du wiki présente les instructions transmises aux trois laboratoires du Québec pour préparer un portrait de la circulation du virus influenza dans la population porcine du Québec. Le résultat du portrait est présenté à la page [[portrait_quebec_clades|Portrait de la circulation des virus]].
+----
 ==== Mise en situation ====
@@ Ligne 14: / Ligne 15: @@
 Depuis quelques années, plusieurs laboratoires explorent le potentiel de l’analyse phylogénétique (arbres et clades) des séquences de certaines parties des virus influenza en circulation pour mieux décrire la diversité des souches dans une population ou un territoire.  Bien que les travaux exploratoires aient débuté depuis plus de 10 ans, la description des souches de virus influenza en circulation au Québec et au Canada à partir des séquences était complexe, car le processus de séquençage variait entre les laboratoires et il n’y avait pas de système de classification de référence.
-Cette difficulté est en voie de se résoudre, car, la majorité des laboratoires du Québec et du Canada font maintenant le séquençage complet du gène qui code pour l’hémagglutinine (partie HA du virus) ou même le séquençage du virus au complet (8 gènes).  De plus, un consortium Nord – Américain, principalement dirigé par les universités américaines, propose maintenant un système de classification standardisé pour la classification des sous-type H1 et H3.  Ce système de classification est utilisé par le volet de surveillance des virus influenza du USDA depuis déjà quelques années[1]. De plus, plusieurs outils informatiques sont disponibles pour réaliser cette classification à partir des séquences de la partie HA du virus[2].
+Cette difficulté est en voie de se résoudre, car, la majorité des laboratoires du Québec et du Canada font maintenant le séquençage complet du gène qui code pour l’hémagglutinine (partie HA du virus) ou même le séquençage du virus au complet (8 gènes).  De plus, un consortium Nord – Américain, principalement dirigé par les universités américaines, propose maintenant un système de classification standardisé pour la classification des sous-type H1 et H3.  Ce système de classification est utilisé par le volet de surveillance des virus influenza du USDA depuis déjà quelques années ((Dernier rapport du USDA sur l’influenza porcin (Q12018) https://www.aphis.usda.gov/animal_health/animal_dis_spec/swine/downloads/fy2018quarter1swinereport.pdf)). De plus, plusieurs outils informatiques sont disponibles pour réaliser cette classification à partir des séquences de la partie HA du virus ((Outils informatiques pour la classification des virus porcins
+https://www.fludb.org/brc/h1CladeClassifier.spg?method=ShowCleanInputPage&decorator=influenza
+https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php)).
   * Système de classification des sous-type H1 (alpha, beta, gamma, delta‐1, delta‐2, pandemic H1N1 2009 (H1N1pdm09)).
   * Système de classification des sous-type H3 (Cluster IV, Cluster IV‐A, Cluster IV‐B, Cluster IV‐C, Cluster IV‐D, Cluster IV‐E, Cluster IV‐F, or human‐like)
+----
 ==== Attentes de la part des laboratoires du Québec ====
@@ Ligne 27: / Ligne 32: @@
 ==== Période et le matériel ciblé ====
   * Les données de séquençage de la partie HA des virus influenza A échantillonnés sur les fermes porcines du Québec et du Canada au courant des deux dernières années (2018 et 2019).
-  * Chaque laboratoire pourra utiliser ses propres données et éventuellement inclure les séquences du Québec partagées sur les bases de données publiques[3]  (à la discrétion de chaque laboratoire).
+  * Chaque laboratoire pourra utiliser ses propres données et éventuellement inclure les séquences du Québec partagées sur les bases de données publiques ((Les séquences de plusieurs protéines des virus influenza identifié chez le porc et d’autres espèces sont partagé sur des banques de séquences accessibles à tous Ex. : « GenBank du National Center for Biotechnology Information  (USA) »; « DNA DataBank of Japan (DDBJ) »; « European Nucleotide Archive (ENA) ».)) (à la discrétion de chaque laboratoire).
+----
 ==== Laboratoires participants ====
@@ Ligne 35: / Ligne 42: @@
   * Laboratoire de Demeter par Dr Robert Charette.
   * Un portrait de la diversité des souches en circulation au Canada sera éventuellement, réalisé par Dr Berhane Yohannes du laboratoire de l'ACIA de Winnipeg.
+----
 ==== Modalité d’application ====
   - Chaque laboratoire recevra le mandat de réaliser un portrait Québec à partir de son propre jeu de séquences et de son expertise.
@@ Ligne 44: / Ligne 53: @@
 Livrables (idéalement avant la fin du mois de mai ou la première semaine du mois de juin)
   * Une présentation de l’analyse qui sera présentée par vidéoconférence à Marie-Claude Poulin et Christian Klopfenstein (maximum 1 heure)
   * Un rapport sommaire (max 3 pages) qui sera éventuellement publié sur un wiki thématique « Influenza » par le CDPQ.
+----
 ==== Cadre juridique et propriété intellectuelle ====
 L’information partagée par chaque laboratoire au CDPQ sera considérée comme une œuvre d’art qui appartient aux laboratoires. Le rapport sommaire sera éventuellement publié sur un wiki thématique par le CDPQ.  Le CDPQ s’engage à respecter le cadre juridique (BY-NC-SA) tel que proposé par Creative commons ((https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ca/deed.fr)).
-[1] Dernier rapport du USDA sur l’influenza porcin (Q12018) https://www.aphis.usda.gov/animal_health/animal_dis_spec/swine/downloads/fy2018quarter1swinereport.pdf
-[2] Outils informatiques pour la classification des virus porcins
-https://www.fludb.org/brc/h1CladeClassifier.spg?method=ShowCleanInputPage&decorator=influenza
-https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php
-[3] Les séquences de plusieurs protéines des virus influenza identifié chez le porc et d’autres espèces sont partagé sur des banques de séquences accessibles à tous Ex. : « GenBank du National Center for Biotechnology Information  (USA) »; « DNA DataBank of Japan (DDBJ) »; « European Nucleotide Archive (ENA) ».
-[4] https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ca/deed.fr