methodeportrait
Différences
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methodeportrait [2020/08/24 22:50] – Christian Klopfenstein | methodeportrait [2020/10/09 06:41] (Version actuelle) – ↷ Liens modifiés en raison d'un déplacement. Adminwiki CDPQ | ||
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====== Instructions envoyées aux laboratoires ====== | ====== Instructions envoyées aux laboratoires ====== | ||
- | Cette page du wiki présente les instructions transmises aux trois laboratoires du Québec pour préparer un portrait de la circulation du virus influenza dans la population porcine du Québec. Le résultat du portrait est présenté à la page [[portrait_virus|Portrait de la circulation des virus]]. | + | Cette page du wiki présente les instructions transmises aux trois laboratoires du Québec pour préparer un portrait de la circulation du virus influenza dans la population porcine du Québec. Le résultat du portrait est présenté à la page [[portrait_quebec_clades|Portrait de la circulation des virus]]. |
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==== Mise en situation ==== | ==== Mise en situation ==== | ||
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Depuis quelques années, plusieurs laboratoires explorent le potentiel de l’analyse phylogénétique (arbres et clades) des séquences de certaines parties des virus influenza en circulation pour mieux décrire la diversité des souches dans une population ou un territoire. | Depuis quelques années, plusieurs laboratoires explorent le potentiel de l’analyse phylogénétique (arbres et clades) des séquences de certaines parties des virus influenza en circulation pour mieux décrire la diversité des souches dans une population ou un territoire. | ||
- | Cette difficulté est en voie de se résoudre, car, la majorité des laboratoires du Québec et du Canada font maintenant le séquençage complet du gène qui code pour l’hémagglutinine (partie HA du virus) ou même le séquençage du virus au complet (8 gènes). | + | Cette difficulté est en voie de se résoudre, car, la majorité des laboratoires du Québec et du Canada font maintenant le séquençage complet du gène qui code pour l’hémagglutinine (partie HA du virus) ou même le séquençage du virus au complet (8 gènes). |
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* Système de classification des sous-type H1 (alpha, beta, gamma, delta‐1, delta‐2, pandemic H1N1 2009 (H1N1pdm09)). | * Système de classification des sous-type H1 (alpha, beta, gamma, delta‐1, delta‐2, pandemic H1N1 2009 (H1N1pdm09)). | ||
* Système de classification des sous-type H3 (Cluster IV, Cluster IV‐A, Cluster IV‐B, Cluster IV‐C, Cluster IV‐D, Cluster IV‐E, Cluster IV‐F, or human‐like) | * Système de classification des sous-type H3 (Cluster IV, Cluster IV‐A, Cluster IV‐B, Cluster IV‐C, Cluster IV‐D, Cluster IV‐E, Cluster IV‐F, or human‐like) | ||
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==== Attentes de la part des laboratoires du Québec ==== | ==== Attentes de la part des laboratoires du Québec ==== | ||
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* Faire une analyse des sites antigéniques reconnus ou tout autre éléments reconnus dans la classification des souches. | * Faire une analyse des sites antigéniques reconnus ou tout autre éléments reconnus dans la classification des souches. | ||
* Expliquer les grands principes du modèle retenus par le laboratoire pour comparer les clades et identifier les souches qui seraient éventuellement retenus pour faire un vaccin. | * Expliquer les grands principes du modèle retenus par le laboratoire pour comparer les clades et identifier les souches qui seraient éventuellement retenus pour faire un vaccin. | ||
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==== Période et le matériel ciblé ==== | ==== Période et le matériel ciblé ==== | ||
* Les données de séquençage de la partie HA des virus influenza A échantillonnés sur les fermes porcines du Québec et du Canada au courant des deux dernières années (2018 et 2019). | * Les données de séquençage de la partie HA des virus influenza A échantillonnés sur les fermes porcines du Québec et du Canada au courant des deux dernières années (2018 et 2019). | ||
- | * Chaque laboratoire pourra utiliser ses propres données et éventuellement inclure les séquences du Québec partagées sur les bases de données publiques[3] (à la discrétion de chaque laboratoire). | + | * Chaque laboratoire pourra utiliser ses propres données et éventuellement inclure les séquences du Québec partagées sur les bases de données publiques |
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==== Laboratoires participants ==== | ==== Laboratoires participants ==== | ||
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* Laboratoire de Demeter par Dr Robert Charette. | * Laboratoire de Demeter par Dr Robert Charette. | ||
* Un portrait de la diversité des souches en circulation au Canada sera éventuellement, | * Un portrait de la diversité des souches en circulation au Canada sera éventuellement, | ||
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==== Modalité d’application ==== | ==== Modalité d’application ==== | ||
- Chaque laboratoire recevra le mandat de réaliser un portrait Québec à partir de son propre jeu de séquences et de son expertise. | - Chaque laboratoire recevra le mandat de réaliser un portrait Québec à partir de son propre jeu de séquences et de son expertise. | ||
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Livrables (idéalement avant la fin du mois de mai ou la première semaine du mois de juin) | Livrables (idéalement avant la fin du mois de mai ou la première semaine du mois de juin) | ||
* Une présentation de l’analyse qui sera présentée par vidéoconférence à Marie-Claude Poulin et Christian Klopfenstein (maximum 1 heure) | * Une présentation de l’analyse qui sera présentée par vidéoconférence à Marie-Claude Poulin et Christian Klopfenstein (maximum 1 heure) | ||
- | * Un rapport sommaire (max 3 pages) qui sera éventuellement publié sur un wiki thématique « Influenza » par le CDPQ. | + | * Un rapport sommaire (max 3 pages) qui sera éventuellement publié sur un wiki thématique « Influenza » par le CDPQ. |
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==== Cadre juridique et propriété intellectuelle ==== | ==== Cadre juridique et propriété intellectuelle ==== | ||
L’information partagée par chaque laboratoire au CDPQ sera considérée comme une œuvre d’art qui appartient aux laboratoires. Le rapport sommaire sera éventuellement publié sur un wiki thématique par le CDPQ. Le CDPQ s’engage à respecter le cadre juridique (BY-NC-SA) tel que proposé par Creative commons ((https:// | L’information partagée par chaque laboratoire au CDPQ sera considérée comme une œuvre d’art qui appartient aux laboratoires. Le rapport sommaire sera éventuellement publié sur un wiki thématique par le CDPQ. Le CDPQ s’engage à respecter le cadre juridique (BY-NC-SA) tel que proposé par Creative commons ((https:// | ||
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- | [1] Dernier rapport du USDA sur l’influenza porcin (Q12018) https:// | ||
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- | [2] Outils informatiques pour la classification des virus porcins | ||
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- | [3] Les séquences de plusieurs protéines des virus influenza identifié chez le porc et d’autres espèces sont partagé sur des banques de séquences accessibles à tous Ex. : « GenBank du National Center for Biotechnology Information | ||
- | [4] https:// | ||
methodeportrait.1598323843.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/24 22:50 de Christian Klopfenstein