Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- classification_virus20192023 [2023/09/24 15:38] – Christian Klopfenstein
+++ classification_virus20192023 [2025/10/16 23:23] (Version actuelle) – ↷ Liens modifiés en raison d'un déplacement. 20.171.207.250
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 ===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 dans Octoflu (2019-2023) =====
-Le premier nom correspond à l'identification du virus utilisé par le Canada, les États-Unis et le Mexique (Nom_CÉM). Le nom entre parenthèses est un système utilisé dans d'autres parties du monde tel que la communauté européenne (Nom_EU). Vous trouverez plus d'informations sur la page [[influenza_abc_clades|Clades et lignées]].
-Cette classification représente les clades présent dans la jeu de données de référence de l'outil OctoFLU entre 2019 et 2023. Dans le jeu de données plus récent, il y a eu quelques changements de nom (ex: clade alpha-3 devient le clade alpha-del).  Le système de classification actuel est accessible sur la page  [[classification_virus|classification OctoFlu (2023 -)]].
+Le nom des clades rapportés dans cette page sont ceux qui étaient inclus dans la base de données de référence de l'outil Octoflu entre 2019 et 2023 ((Chang, J., Anderson, T.K., Zeller, M.A., Gauger, P.C., and Vincent, A.L. (2019). “octoFLU: Automated classification to evolutionary origin of influenza A virus gene sequences detected in U.S. swine” Microbiology Resource Announcements 8(32), e00673-19. L'outil est disponible en mode «Open Source» sur [[https://github.com/flu-crew/octoFLU|GitHUB]].))  avec un ajustement mineur pour deux clades ((Le clade "2010-human_like" est renommé 2010.1 et le clade "2016-human_like" est renommé 2010.2)).
+.
-^  ^Nom_CÉM  (nom_EU) ^Nom_CÉM (nom_EU)^
+Dans la mise à jour récente, il y a eu quelques changements de certains noms de clades (ex: clade H1 alpha-3 devient le clade H1 alpha-del).  Le système de classification actuel est accessible sur la page [[classification_virus|classification OctoFlu (2023)]].
-|1|H1 alpha (1A.1.1)  |H3 Cluster I «C_I » (3.1990.1) |
-|2|H1 alpha2 (1A)  |H3 Cluster IV «C_IV » (3.1990.4) |
+Dans le tableau, le premier nom correspond à l'identification du virus utilisé au Canada et au Québec. Le nom entre parenthèses est un système utilisé dans d'autres parties du monde tel que la communauté européenne (nom_CE). Vous trouverez plus d'informations sur la page [[influenza_abc_clades|Clades et lignées]].
-|3|H1 alpha3 (1A.1.1)  |H3 Cluster IVA «C_IVA » (3.1990.4.1) |
-|4|H1 alpha3a (1A.1.1)  |H3 Cluster IVB «C_IVB » (3.1990.4.2-3) |
+^  ^Nom du clade  (nom_CE) ^ ^Nom du clade  (nom_CE)^
-|5|H1 beta (1A.2)  |H3 Cluster IVC «C_IVC » (3.1990.4.4) |
+|1|H1 alpha (1A.1.1)  |12|H3 I (3.1990.1) |
-|6|H1 delta1 (1B.2.2.2)  |H3 Cluster IVD «C_IVD » (3.1990.4.5) |
+|2|H1 alpha2 (1A)  |13|H3 IV (3.1990.4) |
-|7|H1 delta2 (1B.2.1)  |H3 Cluster IVE «C_IVE » (3.1990.4.6) |
+|3|H1 alpha3 (1A.1.1)  |14|H3 IVA (3.1990.4.1) |
-|8|H1 delta-like (Other-Human-1B.2)  |H3 Cluster IVF «C_IVF » (3.1990.4.7) |
+|4|H1 alpha3a (1A.1.1)  |15|H3 IVB (3.1990.4.2-3) |
-|9|H1 gamma (1A.3.3.3)  |H3 >2010-human_like «2010-human_like » (3.2010.1) |
+|5|H1 beta (1A.2)  |16|H3 IVC (3.1990.4.4) |
-|10|H1 gamma2 (1A.3.2)  |H3 >2016-human_like «2016-human_like » (3.2010.2) |
+|6|H1 delta1 (1B.2.2.2)  |17|H3 IVD (3.1990.4.5) |
-|11|H1 pdm (1A.3.3.2)  ||
+|7|H1 delta2 (1B.2.1)  |18|H3 IVE (3.1990.4.6) |
-|12|H1 pdm-vaccine (1A.3.3.2)  ||
+|8|H1 gamma (1A.3.3.3)  |19|H3 IVF (3.1990.4.7) |
+|9|H1 gamma2 (1A.3.2)  |20|H3 2010.1 (3.2010.1) |
+|10|H1 pdm (1A.3.3.2)  |21|H3 2010.2 (3.2010.2) |
+|11|H1 pdm-vaccine (1A.3.3.2)  | |