Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- classification_virus [2023/10/20 09:48] – Christian Klopfenstein
+++ classification_virus [2025/10/16 16:34] (Version actuelle) – ↷ Nom de la page changé de classification_virus2023 à classification_virus Valérie Dufour
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 ===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 dans Octoflu (2023)=====
-Le nom des clades rapportés par l'outil OCVIP du CDPQ sont ceux qui sont inclus dans la base de données de référence de l'outil Octoflu mise à jour le 12 septembre 2023 ((Chang, J., Anderson, T.K., Zeller, M.A., Gauger, P.C., and Vincent, A.L. (2019). “octoFLU: Automated classification to evolutionary origin of influenza A virus gene sequences detected in U.S. swine” Microbiology Resource Announcements 8(32), e00673-19. L'outil est disponible en mode «Open Source» sur [[https://github.com/flu-crew/octoFLU|GitHUB]].)).
+Les noms des clades rapportés par l'outil OCVIP du CDPQ sont ceux qui sont inclus dans la base de données de référence de l'outil Octoflu mise à jour le 12 septembre 2023 ((Chang, J., Anderson, T.K., Zeller, M.A., Gauger, P.C., and Vincent, A.L. (2019). “octoFLU: Automated classification to evolutionary origin of influenza A virus gene sequences detected in U.S. swine” Microbiology Resource Announcements 8(32), e00673-19. L'outil est disponible en mode «Open Source» sur [[https://github.com/flu-crew/octoFLU|GitHUB]].)) avec un ajustement mineur pour deux clades ((Le clade "2010-human_like" est renommé 2010.1 et le clade "2016-human_like" est renommé 2010.2)).
 Dans la mise à jour récente, il y a eu quelques changements de certains noms de clades (ex: clade H1 alpha-3 devient le clade H1 alpha-del).  Le système de classification antérieur est accessible sur la page [[classification_virus20192023|classification OctoFlu (2019-2023)]].
-Dans le tableau, le premier nom correspond à l'identification du virus utilisé au Canada (QC)((La nomenclature retenue pour le Canada est une copie conformes à celle qui était proposées dans l'outil en ligne avec deux modifications mineures.  Le clade "2010-human_like" est renommé 2010.1 et le clade "2016-human_like" est renommé 2010.2)). Le code avec des chiffres entre parenthèses est un système de classification utilisé dans d'autres parties du monde tel que la communauté européenne (Nom_CE). Vous trouverez plus d'informations sur la page [[influenza_abc_clades|Clades et lignées]].
+Dans le tableau, le premier nom correspond à l'identification du virus utilisé au Canada et au Québec. Le code avec des chiffres entre parenthèses est un système de classification utilisé dans d'autres parties du monde tel que la communauté européenne (Nom_CE). Vous trouverez plus d'informations sur la page [[influenza_abc_clades|Clades et lignées]].
+^  ^Nom du clade  (nom_CE) ^ ^Nom du clade  (nom_CE)^
+|1|H1 alpha (1A.1.1)  |19|H3 IV (1990.4) |
+|2|H1 alpha-1 (1A.1.1.1)  |20|H3 IVA (1990.4.a) |
+|3|H1 alpha-2 (1A.1.1.2)  |21|H3 IVB1 (1990.4.b1) |
+|4|H1 alpha-del (1A.1.1.3)  |22|H3 IVB2 (1990.4.b2) |
+|5|H1 alpha-del-a (1A.1.1.3.1)  |23|H3 IVC (1990.4.c) |
+|6|H1 beta (1A.2)  |24|H3 IVD (1990.4.d) |
+|7|H1 delta1 (1B.2.2)  |25|H3 IVE (1990.4.e) |
+|8|H1 delta1a (1B.2.2.1)  |26|H3 IVF (1990.4.f) |
+|10|H1 delta1b (1B.2.2.2)  |28|H3 IVG (1990.4.g) |
+|11|H1 delta2 (1B.2.1)  |29|H3 IVH (1990.4.h) |
+|12|H1 gamma (1A.3.3.3)  |30|H3 IVI (1990.4.i) |
+|13|H1 gamma2 (1A.3.2)  |31|H3 IVJ (1990.4.j) |
+|14|H1 gamma-c1 (1A.3.3.3-c1)  |32|H3 2010.1 (2010.1) |
+|15|H1 gamma-c2 (1A.3.3.3-c2)  |33|H3 2010.2 (2010.2) |
+|16|H1 gamma-c3 (1A.3.3.3-c3)  | |
+|17|H1 pdm (1A.3.3.2)  | |
+|18|H1 pdm-vaccine (1A.3.3.2-vaccine)  | |
-^  ^Nom_CÉM  (nom_EU) ^Nom_CÉM (nom_EU)^
-|1|H1 alpha (1A.1.1)  |H3 Cluster IV «C_IV » (1990.4) |
-|2|H1 alpha-1 (1A.1.1.1)  |H3 Cluster IVA «C_IVA » (1990.4.a) |
-|3|H1 alpha-2 (1A.1.1.2)  |H3 Cluster IVB1 «C_IVB1 » (1990.4.b1) |
-|4|H1 alpha-del (1A.1.1.3)  |H3 Cluster IVB2 «C_IVB2 » (1990.4.b2) |
-|5|H1 alpha-del-a (1A.1.1.3.1)  |H3 Cluster IVC «C_IVC » (1990.4.c) |
-|6|H1 beta (1A.2)  |H3 Cluster IVD «C_IVD » (1990.4.d) |
-|7|H1 delta1 (1B.2.2)  |H3 Cluster IVE «C_IVE » (1990.4.e) |
-|8|H1 delta1a (1B.2.2.1)  |H3 Cluster IVF «C_IVF » (1990.4.f) |
-|10|H1 delta1b (1B.2.2.2)  |H3 Cluster IVG «C_IVG » (1990.4.g) |
-|11|H1 delta2 (1B.2.1)  |H3 Cluster IVH «C_IVH » (1990.4.h) |
-|12|H1 gamma (1A.3.3.3)  |H3 Cluster IVI «C_IVI » (1990.4.i) |
-|13|H1 gamma2 (1A.3.2)  |H3 Cluster IVJ «C_IVJ » (1990.4.j) |
-|14|H1 gamma-c1 (1A.3.3.3-c1)  |H3 >2010-human_like «2010.1 » (2010.1) |
-|15|H1 gamma-c2 (1A.3.3.3-c2)  |H3 >2016-human_like «2010.2 » (2010.2) |
-|16|H1 gamma-c3 (1A.3.3.3-c3)  ||
-|17|H1 pdm (1A.3.3.2)  ||
-|18|H1 pdm-vaccine (1A.3.3.2-vaccine)  ||